Scintigrafija štitnjače je funkcionalna pretraga pomoću koje procjenjujemo rad štitnjače u cijelosti kao i rad pojedinih dijelova štitnjače. Premda postoji više vrsta scintigrafija štitnjače, ovisno o tome koji radiofarmak koristimo, danas se rutinski radi scintigrafija štitnjače sa Tc-99m pertehnetatom. Tc-99m pertehnetat je radiofarmak koji koristi isti mehanizam ulaska u stanice štitnjače kao i jod ali ima bolje fizikalne karakteristike, čime dobivamo bolje scintigrame (slike). Pretraga se izvodi na taj način da se vrlo tankom (inzulinskom) iglom pacijentu u jednu od vena ruku injicirala vrlo mala količina dijagnostičke tekućine (Tc-99m pertehnetata).
Pola sata nakon injiciranja radiofarmaka radi se 10 minutno snimanje gama kamerom u ležećem ili sjedećem položaju pacijenta (vidi sliku). Nakon snimanja se dobivena digitalna slika kompjuterski analizira i kvantificira, kako bi se izračunala funkcionalna sposobnost štitnjače i njezinih dijelova. Tc-99m pertehnetat je blagi gama emiter (160 KeV) koji ima polu vrijeme (t/2) raspada od 6 sati te time pacijent dobiva iznimno malu dozu zračenja od 0,8 mSv. Scintigrafije štitnjače se rade već više od 50 godina i do sada nisu zabilježene nuspojave ove pretrage.