Kolonoskopija je pregled debelog crijeva, od najnižeg dijela, rektuma, pa sve do spoja debelog i tankog crijeva. Pretraga se vrši savitljivim aparatom poput tanke cijevi debljine kažiprsta sa svijetlom i kamerom na vrhu. Uvodi se kroz analani otvor u debelo crijevo.

Pregled treba učiniti: kod svake relativno naglo nastale promjene ritma pražnjenja crijeva, pojave razdoblja zatvora koji se izmjenjuju sa pojavom proljeva, neobjašnjivom boli u trbuhu, pojave krvi u stolici ili nakon stolice. Pregled bi trebalo učiniti u svih starijih od pedeset godina sa podacima o polipima ili raku debelog crijeva u obitelji, ili deset godina prije pojave raka debelog crijeva u najmlađeg člana obitelji. Preporuča se i kao preventivni pregled iznad pedesete godine života. Kolonoskopija dozvoljava liječniku da vidi i najmanje promjene na sluznici crijeva, te da istovremeno uzima materijal sa patohistološku analizu ili da odmah odstrani polipozne promjene.

Vaše debelo crijevo mora biti u potpunosti prazno prije pregleda. Da bi se pripremili za pregled, potrebno je postupiti prema uputi za čišćenje koju ste dobili od liječnika.  Ukoliko će pretraga biti u anesteziji, ne smije se ništa jesti niti piti 6 sati prije pretrage. Ako inače uzimate neke lijekove posavjetujte se prije toga sa liječnikom možete li ih uzeti prije pregleda ili ne. Osobito je važno napomenuti uzimanje lijekova za razrjeđivanje krvi. Isto tako, ako bolujete od srčanih ili plućnih bolesti, porazgovarajte o njima sa liječnikom i ponesite raniju medicinsku dokumentaciju.

Pregled se izvodi na lijevom boku, a kolonoskop se polako i pažljivo uvodi kroz anus, rektum i cijelo debelo crijevo, sve do spoja sa tankim crijevom. Tijekom pregleda u crijevo se upuhuje manja količina zraka, da bi se stijenka crijeva mogla dobro analizirati. Pregled je ponekad bolan, praćen osjećajem nadutosti i rijetko traje dulje od pola sata. U onih pacijenata koji su prethodno imali veću operaciju u trbuhu, bili zračeni ili imaju nizak prag za bol, preporuča se pregled u kratkotrajnoj intravenskoj anesteziji. Iako je buđenje iz anestezije vrlo brzo i bez ikakvih posljedica, refleksi i prosuđivanje su neko vrijeme malo usporeni. Stoga ne smijete voziti automobil ostatak dana, a uputno bi bilo na pregled doći sa pratnjom. Iza pregleda možete kratkotrajno imati osjećaj nelagode i blage grčeve u trbuhu, ponekad sa nagonom na stolicu, uglavnom zbog zraka koji se kroz endoskop upuhuje u vaše crijevo tijekom pregleda. Ako ste bili u anesteziji neko ćete vrijeme provesti u prostoru ordinacije. Vaš će Vam liječnik odmah priopćiti nalaz pri pregledu, a ako je uzimana biopsija za patohistološku analizu, rezultat ćete dobiti za nekoliko dana.

Kolonoskopija i biopsija su vrlo sigurne kada ih izvodi liječnik koji je prošao posebnu izobrazbu i iskusan je u izvođenju endoskopskih procedura. Ipak radi se o invazivnoj metodi koja ima komplikacije, koje su vrlo rijetke i uključuju mogućnost krvarenja na mjestu uzimanja biopsije, te trganje (perforaciju) stijenke organa. Važno je prepoznati rane znakove mogućih komplikacija i odmah kontaktirati svog liječnika ili se javiti u hitnu službu bolnice u slučaju krvi u stolici, jakih bolova u trbuhu, temperature ili tresavice.